| dc.contributor.author | Paz, Hério Ênio de Sousa | |
| dc.date.accessioned | 2018-03-05T14:32:44Z | |
| dc.date.available | 2018-03-05T14:32:44Z | |
| dc.date.issued | 2017-06-26 | |
| dc.identifier.citation | PAZ, Hério Ênio de Sousa. reSHAPE : montagem híbrida de genomas com foco em organismos bacterianos combinando ferramentas de novo. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2017. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/9508. | * |
| dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/9508 | |
| dc.description.abstract | No summary | eng |
| dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | por |
| dc.language.iso | por | por |
| dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
| dc.rights.uri | Acesso aberto | por |
| dc.subject | Sequenciamento | por |
| dc.subject | Nova geração | por |
| dc.subject | Genomas | por |
| dc.subject | Montagem | por |
| dc.subject | Bactéria | por |
| dc.subject | Pipeline | por |
| dc.title | reSHAPE : montagem híbrida de genomas com foco em organismos bacterianos combinando ferramentas de novo | por |
| dc.type | Dissertação | por |
| dc.contributor.advisor1 | Senger, Hermes | |
| dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/3691742159298316 | por |
| dc.description.resumo | O aumento da capacidade computacional dos computadores e a demanda por sequenciadores de baixo custo impulsionou o desenvolvimento de sequenciadores de nova geração com alta taxa de vazão de dados, fenômeno que expandiu exponencialmente o volume de dados de sequenciamento disponíveis para análise. Essas tecnologias fazem uso de diversos métodos que paralelizam o processo de sequenciamento, produzindo grandes quantidades de leituras simultaneamente. Algoritmos de montagem de genomas usualmente são desenvolvidos para trabalhar com tecnologias específicas de sequenciamento. No entanto, uma grande quantidade de genomas ainda não foram reunidas em um único fragmento. Com isso diversas abordagens híbridas, que utilizam mais de um tipo de leitura, vêm sendo desenvolvidas. Um dos objetos de estudo deste trabalho é a bactéria Pseudomonas aeruginosa CCBH4851, um agente causador de infecções hospitalares, e ainda não tinha o seu genoma completamente montado. Motivado pelo problema de montagem desse genoma, este trabalho propõe o desenvolvimento do reSHAPE: um pipeline híbrido para montagem de genomas de bactérias, que possibilite tanto gerar novas montagens quanto melhorar montagens já existentes de diversos genomas, por meio da integração de diversos métodos e ferramentas de novo. A partir da montagem gerada pelo reSHAPE, foi possível finalizar o genoma da P. aeruginosa manualmente em apenas um fragmento. Além disso, o reSHAPE foi capaz de melhorar a atual montagem de outras bactérias, obtendo resultados superiores ao estado da arte dos montadores híbridos. | por |
| dc.publisher.initials | UFSCar | por |
| dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCC | por |
| dc.subject.cnpq | CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO | por |
| dc.ufscar.embargo | 6 meses após a data da defesa | por |
| dc.publisher.address | Câmpus São Carlos | por |
| dc.contributor.authorlattes | http://lattes.cnpq.br/9210514687273797 | por |
