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dc.contributor.authorRomeiro-Brito, Monique
dc.date.accessioned2023-06-26T17:43:52Z
dc.date.available2023-06-26T17:43:52Z
dc.date.issued2023-05-26
dc.identifier.citationROMEIRO-BRITO, Monique. Filogenia, biogeografia e diversificação de cactos na América do Sul com enfoque na tribo Cereeae (Cactaceae). 2023. Tese (Doutorado em Genética Evolutiva e Biologia Molecular) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2023. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/18201.*
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/18201
dc.description.abstractThe global expansion of arid and semiarid habitats is often associated with climate changes that occurred during the Miocene and Pleistocene. Despite the relevance of these climatic events for the diversification of plants in xeric (dry) environments, few studies have been conducted related to the role of the expansion of aridity as a mechanism of diversification in South America. Besides the expansion of aridity, biotic factors may be involved with the diversification of taxon associated with xeric habitats, as observed in previous studies within the Cactaceae family. Due to the recent diversification of this family, molecular phylogenies that used few molecular markers have faced difficulties to distinguish the relationship within its main clades. A reasonable strategy to obtain higher accuracy and resolution in phylogenetic inferences is to employ genomic data combined with coalescence phylogenetic approaches. The present study aims to investigate biotic and abiotic factors associated with the diversification of tribe Cereeae, one of the major lineage of cacti in South America, and identify evolutionary and ecological patterns in common with taxa inhabiting xeric environments in South America. For this purpose, the following specific aims were established: identify ortholog genic regions available for Cactaceae and build a lineage-specific panel for shallow and deep-phylogenetic studies in this group using target capture sequencing approach (Chapter1); reconstruct a robust phylogeny for the tribe Cereeae, a group comprising the major diversity of Cactaceae in South America, using target capture sequencing approach. This phylogeny would be useful to delimitate well-supported suprageneric and generic relationships, and guide new taxonomic treatments (Chapter 2); and estimate divergence time and biogeographic events involved in the diversification of tribe Cereeae, as well as estimate shifts in diversification rates related to biotic and abiotic traits (Chapter 3). In brief, we selected more than five hundred ortholog nuclear regions and built a RNA bait panel, named here as Cactaceae591. As shown in chapter 1, these regions were capable of establishing phylogenetic relationships at deeper and shallower levels in Cactaceae. In chapter 2, we used newly generated target capture sequencing data and public databases to obtain a comprehensive view of phylogenetic relationships within the tribe Cereeae. The genomic dataset showed to be fundamental to obtaining highly supported phylogenetic relationships in this group, being the base to delimit suprageneric and generic groupings in this tribe. Finally, in chapter 3, we recovered that the divergence time estimated in tribe Cereeae is congruent with the period of expansion of aridity in Miocene and Pliocene. The group comprising globose cacti of subtribe Cereinae showed a shift in diversification rates during Pleistocene. The present study endorsesthe importance of morphological and ecological characteristics for the diversification of taxa inhabiting dry areas in South America.eng
dc.description.sponsorshipCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)por
dc.description.sponsorshipFundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)por
dc.language.isoporpor
dc.publisherUniversidade Federal de São Carlospor
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectFilogenômicapor
dc.subjectRadiação evolutivapor
dc.subjectExpansão da aridezpor
dc.subjectBiogeografiapor
dc.subjectTaxa de diversificaçãopor
dc.subjectAprendizagem de máquinapor
dc.titleFilogenia, biogeografia e diversificação de cactos na América do Sul com enfoque na tribo Cereeae (Cactaceae)por
dc.title.alternativePhylogeny, biogeography and diversification of cacti in South America focusing on tribe Cereeae (Cactaceae)eng
dc.typeTesepor
dc.contributor.advisor1Moraes, Evandro Marsola
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/3100796431732251por
dc.description.resumoA expansão de ambientes áridos e semiáridos no globo é frequentemente associada às alterações climáticas que ocorreram durante o Mioceno. Apesar da relevância desses eventos climáticos para a diversificação de plantas em ambientes xerofíticos, poucos estudos têm sido conduzidos sobre o papel da expansão da aridez como mecanismo de diversificação na América do Sul. Aliados à expansão da aridez, outros fatores bióticos podem estar envolvidos na diversificação de táxons associados a ambientes xéricos, como observado em estudos com representantes da família Cactaceae. Devido à diversificação recente dessa família, filogenias moleculares empregando poucos marcadores moleculares têm tido dificuldade em distinguir as relações de parentesco entre seus principais clados. Uma estratégia para obter maior acurácia e suporte nas inferências filogenéticas é utilizar dados genômicos aliados à abordagens filogenéticas coalescentes. O presente estudo tem como objetivo principal investigar fatores bióticos e abióticos associados à diversificação da tribo Cereeae, uma importante linhagem de cactos da América do Sul, e identificar padrões evolutivos e ecológicos em comum à diversificação de táxons que habitam ambientes xéricos na América do Sul. Para isso, foram estabelecidos os seguintes objetivos específicos: identificar regiões gênicas ortólogas nos genomas disponíveis da família Cactaceae e construir um painel de sondas linhagem-específico para desenvolver estudos evolutivos neste grupo, utilizando a abordagem target capture sequencing (Capítulo 1); reconstruir uma filogenia robusta da tribo Cereeae, grupo que reúne a maior diversidade de Cactaceae na América do Sul, utilizando a abordagem target capture sequencing. Essa filogenia foi utilizada para definir relações supragenéricas e genéricas bem suportadas, sendo utilizadas para guiar o tratamento taxonômico desse grupo (Capítulo 2); e estimar as datas de divergência e eventos biogeográficos, bem como estimar alterações nas taxas de diversificação e a associação das mesmas com variáveis bióticas e abióticas (Capítulo 3). Foram identificadas mais de quinhentas regiões nucleares ortólogas para Cactaceae, e foi construído um painel de sondas de RNA para resgatar essas regiões, o qual foi nomeado Cactaceae591. Essas regiões foram capazes de estabelecer relações filogenéticas a níveis profundos e rasos dentro da família Cactaceae, como demonstrado no capítulo 1. A partir de dados sequenciados pela abordagem target capture sequencing utilizando Cactaceae591 e de dados provenientes de repositórios públicos, foi possível ter uma visão abrangente sobre as relações filogenéticas dentro da tribo Cereeae. Os dados genômicos foram essenciais para obter relações filogenéticas altamente suportadas neste grupo, as quais permitiram delimitar agrupamentos supragenéricos e genéricos na tribo, como demonstrado no capítulo 2. Por fim,o tempo de divergência estimado para os principais clados da tribo Cereeae coincide com o período de expansão de ambientes áridos durante o Mioceno. O clado composto por cactos globosos da subtribo Cereinae foi o único grupo que apresentou uma alteração na taxa de diversificação. O presente estudo aponta a importância de características morfológicas e ecológicas para a diversificação de grupos que habitam regiões secas da América do Sul, como detalhado pelo capítulo 3.por
dc.publisher.initialsUFSCarpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEvpor
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::BOTANICApor
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICApor
dc.description.sponsorshipId2018/06937-8por
dc.publisher.addressCâmpus São Carlospor
dc.contributor.authorlatteshttp://lattes.cnpq.br/9913396967397481por
dc.contributor.authororcidhttps://orcid.org/0000-0002-6798-5751por
dc.contributor.advisor1orcidhttps://orcid.org/0000-0003-4197-0794por


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