dc.contributor.author | Oliveira, Karina Santos de | |
dc.date.accessioned | 2021-06-29T22:58:04Z | |
dc.date.available | 2021-06-29T22:58:04Z | |
dc.date.issued | 2021-06-23 | |
dc.identifier.citation | Oliveira, Karina Santos de. Mecanismos de regulação gênica relacionados a eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore. 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2021. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/14464. | * |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/14464 | |
dc.description.abstract | Brazil is one of the main beef producers and exporters, with herds predominantly composed of Nellore Zebu animals (Bos indicus). In this scenario, genomics can contribute to the identification of potential biomarkers of agricultural interest features. In previous studies, COL1A1, CTGF, CYP2B6, EGR1 and PRUNE2 were differentially expressed genes (DEGs) between groups of animals contrasting for the residual feed intake phenotype in liver tissue. The objective of this work was to select single nucleotide polymorphisms (SNPs) that potentially affect regulatory regions in the genes mentioned and associate them with different phenotypic measures of feed efficiency (FE). For this, using imputed genotypes of 398 Nellore steers, SNPs were selected in a window from 2 Kb upstream to the transcription start site to the end of the 3' UTR reduced of the DEGs. In the functional annotation, performed with the VEP software, variants in intronic regions, synonyms and those that are not possible regulatory splicing were not considered. For the selected SNPs, the linkage disequilibrium was analyzed by PLINK and Haploview software, and the in silico
prediction of transcription factor binding sites (TFBSs) and microRNAs (miRNAs) binding sites was made using the LASAGNA and RNAhybrid software, respectively. A linear regression model was applied to associate SNPs with the phenotypic measures of FE, and significant SNPs were compared to regions of quantitative trait loci (QTLs) of phenotypes of livestock interest from studies in the same experimental population and from the Cattle QTL database. After functional annotation, two SNPs were selected in the upstream region of the CTGF gene; three referring to COL1A1, one in a splicing region and two in the upstream; 15 for the CYP2B6 gene, among them, one missense variant, four in 5 'UTR and three in 3' UTR, upstream and downstream; five for the EGR1 gene, one of these in the 3’ UTR region and four in
the upstream region; and 33 SNPs referring to the PRUNE2 gene, three in the upstream region and six in the downstream region, and 24 missense variants. Among these, the SNPs for the five DEGs have the potential to influence TFBSs and have also been integrated into QTL regions of bovine phenotypes. SNPs of the CYP2B6 and EGR1 genes have the potential to influence the binding of several bovine miRNAs. Finally, two SNPs located in the CTGF gene were associated with the phenotypic measure of gross feed efficiency, one SNP in the COL1A1 gene was associated with the measures of average daily gain and feed conversion, and 19 SNPs in the PRUNE2 were associated with residual feed intake, respectively. The SNPs identified increase the knowledge about the possible role regulation of genes involved with phenotypic features of FE. | por |
dc.description.sponsorship | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | por |
dc.language.iso | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ | * |
dc.subject | Bos indicus | por |
dc.subject | SNP | por |
dc.subject | Expressão gênica | por |
dc.subject | Fator de transcrição | por |
dc.subject | MicroRNA | por |
dc.subject | Fenôtipo | por |
dc.title | Mecanismos de regulação gênica relacionados a eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore | por |
dc.title.alternative | Mechanisms of gene regulation related to feed efficiency in cattle of the Nellore breed | por |
dc.type | TCC | por |
dc.contributor.advisor1 | Regitano, Luciana Correa de Almeida | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/9595338480545794 | por |
dc.contributor.advisor-co1 | Chiaratti, Marcos Roberto | |
dc.contributor.advisor-co1Lattes | http://lattes.cnpq.br/0392078007500289 | por |
dc.description.resumo | O Brasil é um dos principais produtores e exportadores de carne bovina, com rebanhos compostos predominantemente por animais zebuínos da raça Nelore (Bos indicus) e seus cruzamentos. Nesse cenário, a genômica pode contribuir na identificação de potenciais biomarcadores de características de interesse agropecuário. Em estudos prévios, COL1A1, CTGF, CYP2B6, EGR1 e PRUNE2 foram genes diferencialmente expressos (GDEs) entre grupos de animais contrastantes para o fenótipo consumo alimentar residual em tecido hepático. O objetivo deste trabalho foi selecionar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs)
que potencialmente afetam regiões reguladoras nos genes citados e associá-los a diferentes medidas fenotípicas de eficiência alimentar (EA). Para isso, utilizando genótipos imputados de 398 novilhos Nelore, foram selecionados SNPs em uma
janela compreendendo desde 2 Kb upstream ao sítio de início da transcrição até o final da 3’ UTR descrita dos GDEs. Na anotação funcional, realizada com o software VEP, foram desconsideradas variantes em regiões intrônicas, sinônimas e as que
não são possíveis reguladoras de splicing. Para os SNPs selecionados, foi analisado o desequilíbrio de ligação pelos softwares PLINK e Haploview, e foi feita a predição in silico de sítios de ligação de fatores de transcrição (SLFTs) e de microRNAs
(miRNAs) utilizando os softwares LASAGNA e RNAhybrid, respectivamente. Um modelo de regressão linear foi aplicado para associar os SNPs às medidas fenotípicas de EA, e os SNPs significativos foram comparados a regiões de quantitative trait loci (QTLs) de fenótipos de interesse pecuário provenientes de trabalhos na mesma população experimental e do Cattle QTL database. Após anotação funcional, foram selecionados dois SNPs na região upstream do gene CTGF; três referentes ao COL1A1, um em regi o de splicing e dois upstream ao gene; 15 para o gene CYP2B6, dentre esses, uma variante missense, quatro em 5'
UTR e três em 3' UTR, upstream e downstream; cinco para o gene EGR1, um desses na região 3’ UTR e quatro na região upstream; e 33 SNPs referentes ao gene PRUNE2, três em região upstream e seis em downstream, e 24 variantes
missenses. Dentre esses, os SNPs relativos aos cinco GDEs possuem potencial em influenciar em SLFTs e também foram integrados a regiões de QTLs para diferentes fenótipos bovinos. SNPs dos genes CYP2B6 e EGR1 apresentaram potencial em
influenciar na ligação de diversos miRNAs bovinos. Por fim, dois SNPs localizados no gene CTGF foram associados com a medida fenotípica eficiência alimentar bruta, um SNP do gene COL1A1 apresentou associa o com as medidas ganho de peso
diário e conversão alimentar, e 19 SNPs no PRUNE2 foram associados com consumo alimentar residual. Os SNPs identificados contribuíram para aumentar o conhecimento sobre a possível influência de regiões regulatórias de genes envolvidos com características fenotípicas de EA. | por |
dc.publisher.initials | UFSCar | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA | por |
dc.publisher.address | Câmpus São Carlos | por |
dc.contributor.authorlattes | http://lattes.cnpq.br/9013768890027909 | por |
dc.publisher.course | Biotecnologia - Biotec | por |