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Análise de peptídeos antimicrobianos na formiga Odontomachus chelifer (Latreille, 1802) (Formicidae: Ponerinae) a partir de dados transcriptômicos
dc.contributor.author | Menk, Josilene de Jesus | |
dc.date.accessioned | 2024-07-02T19:39:36Z | |
dc.date.available | 2024-07-02T19:39:36Z | |
dc.date.issued | 2024-05-03 | |
dc.identifier.citation | MENK, Josilene de Jesus. Análise de peptídeos antimicrobianos na formiga Odontomachus chelifer (Latreille, 1802) (Formicidae: Ponerinae) a partir de dados transcriptômicos. 2024. Tese (Doutorado em Biotecnologia e Monitoramento Ambiental) – Universidade Federal de São Carlos, Sorocaba, 2024. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/19709. | * |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/19709 | |
dc.description.abstract | Hymenopteran venoms contain a complex mixture of potent bioactive substances, which have potential biotechnological applications. Ant venoms are composed of formic acid, alkaloids, biogenic amines, enzymes, hydrocarbons, peptides, polypeptides and proteins. These components have antifungal, antiparasitic, antimicrobial, antiviral, phospholipase, cytolytic and neurotoxic properties. The venom of the species Odontomachus chelifer, a carnivorous ant, was investigated in this study in an novel way. O. chelifer is a carnivorous, nocturnal, large ant with an anatomical body characteristic of its species, featuring a robust mandible. Its sting causes acute and intense pain, prolonged itching and burning. In this study, we investigated, using in silico techniques, the peptides that make up a supposed antimicrobial arsenal from the venom gland of the neotropical ant Odontomachus chelifer. Based on transcripts from the body and venom gland of this insect, it was possible to determine the secretome of the gland, which contained around 1,022 peptides with supposed signaling peptides. Most of these peptides (75.5%) were unknown and did not correspond to any reference database, motivating us to extract functional information using techniques based on automated data analysis. We used several complementary methodologies such as transcriptomic data to investigate the existence of antimicrobial peptides (AMPs) in the venom gland of O. chelifer, finding 112 non-redundant candidates. The PAMs were submitted to online bioinformatics tools (AI4AMP, AMPlify, AMP Scanner v2, amPEPpy, Macrel v.1.2.0, UNIPROT version 2022_05, CPAMR3, CAMPSign, Blastp) and the NCBI database. The candidate AMPs were predicted to be more globular and hemolytic than the remaining peptides in the secretome. There is evidence of transcription for 97% of the candidate AMPs in the same genus of ants, with one of them also verified as translated, thus supporting our findings. Most of these sequences with antimicrobial potential (94.8%) corresponded to transcripts from the ant's body, indicating their role not only as venom toxins. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | por |
dc.language.iso | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ | * |
dc.subject | Himenópteros | por |
dc.subject | peçonha | por |
dc.subject | peptídeos antimicrobianos | por |
dc.subject | peptídeos de formiga | por |
dc.subject | Odontomachus chelifer | eng |
dc.subject | Hymenoptera | eng |
dc.subject | antimicrobial peptides | eng |
dc.subject | ant peptides | eng |
dc.subject | Odontomachus chelifer | eng |
dc.title | Análise de peptídeos antimicrobianos na formiga Odontomachus chelifer (Latreille, 1802) (Formicidae: Ponerinae) a partir de dados transcriptômicos | por |
dc.title.alternative | Analysis of antimicrobial peptides in the ant Odontomachus chelifer (Latreille, 1802) (Formicidae: Ponerinae) from transcriptomic data | eng |
dc.type | Tese | por |
dc.contributor.advisor1 | Silva, Flavio Henrique | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/1757309852446263 | por |
dc.contributor.advisor-co1 | Rodrigues, Renata Santos | |
dc.contributor.advisor-co1Lattes | http://lattes.cnpq.br/2516569970975669 | por |
dc.description.resumo | As peçonhas dos himenópteros contêm uma mistura complexa de potentes substâncias bioativas, as quais possuem potenciais aplicações biotecnológicas. As peçonhas de formigas são compostas por ácido fórmico, alcalóides, aminas biogênicas, enzimas, hidrocarbonetos, peptídeos, polipeptídeos e proteínas. Esses componentes apresentam propriedades com atividade antifúngica, antiparasitária, antimicrobiana, antiviral, fosfolipásica, citolítica e neurotóxica. A peçonha da espécie Odontomachus chelifer, uma formiga carnívora, foi investigada neste estudo de forma inédita. O. chelifer é uma formiga carnívora, com hábitos noturnos, grandes que possuem um corpo anatômico característico da sua espécie, apresentando uma mandíbula robusta. Sua picada causa dor aguda e intensa, coceira prolongada e queimação. Neste estudo, investigamos, usando técnicas in silico, os peptídeos que compõem um suposto arsenal antimicrobiano da glândula de peçonha da formiga neotropical Odontomachus chelifer. Com base nos transcritos do corpo e da glândula de peçonha desse inseto, foi possível determinar o secretoma da glândula, que continha cerca de 1.022 peptídeos com supostos peptídeos sinalizadores. A maioria desses peptídeos (75,5%) era desconhecida, não correspondendo a nenhum banco de dados de referência, motivando-nos a extrair informações funcionais por meio de técnicas baseadas em análise de dados automatizados. Utilizamos metodologias complementares como dados transcriptômicos, extração e sequenciamento de RNA, sequenciamento e montagem De Novo; para investigarmos a existência de peptídeos antimicrobianos (PAMs) na glândula de peçonha de O. chelifer, encontrando 112 candidatos não redundantes. Os PAMs foram submetidos as ferramentas online de bioinformática (AI4AMP, AMPlify, AMP Scanner v2, amPEPpy, Macrel v.1.2.0, UNIPROT versão 2022_05, CPAMR3, CAMPSign, Blastp) e o banco de dados NCBI. Os PAMs candidatos são mais globulares e hemolíticos do que os peptídeos restantes no secretoma. Há evidências de transcrição para 97% dos candidatos a PAM no mesmo gênero de formigas, com um deles também verificado como traduzido, apoiando assim nossos achados. A maioria dessas sequências com potencial antimicrobiano (94,8%) correspondeu a transcrições do corpo da formiga, indicando seu papel não apenas como toxinas da peçonha. | por |
dc.publisher.initials | UFSCar | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Monitoramento Ambiental - PPGBMA-So | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOQUIMICA::BIOLOGIA MOLECULAR | por |
dc.publisher.address | Câmpus Sorocaba | por |
dc.contributor.authorlattes | http://lattes.cnpq.br/2722234176107372 | por |
dc.contributor.authororcid | https://orcid.org/0000-0001-7493-2984 | por |
dc.contributor.advisor1orcid | https://orcid.org/0000-0003-3329-4597 | por |
dc.contributor.advisor-co1orcid | https://orcid.org/0000-0002-3779-5236 | por |