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Alinhamento de seqüências biológicas com o uso de algoritmos genéticos.
dc.contributor.author | Ogata, Sabrina Oliveira | |
dc.date.accessioned | 2016-06-02T20:21:33Z | |
dc.date.available | 2005-04-08 | |
dc.date.available | 2016-06-02T20:21:33Z | |
dc.date.issued | 2005-03-14 | |
dc.identifier.citation | OGATA, Sabrina Oliveira. Alinhamento de seqüências biológicas com o uso de algoritmos genéticos.. 2005. 78 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2005. | por |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/5528 | |
dc.description.abstract | The comparison of genome sequences from different organisms is one of the computational application most frequently used by molecular biologists. This operation serves as support for other processes as, for instance, the determination of the three- dimensional structure of the proteins. During the last years, a significative increase has been observed in the use of Genetic Algorithms (GA) for optimization problems as, for example, dna or protein sequence alignment. GAs are search techniques inspired in mechanisms from Natural Selection and Genetics. In this work, a GA was used to development a computacional tool for the sequence alignment problem. A benchmark comparison of this program with the bl2seq tool (from Blast package) is showed using some sequences, varying in similarity and length. In some cases the GA overhelmed the bl2seq tool. This work contributes to the Bioinformatic field by the use of a novel methodology that can use as an option for sequence analysis in genome projects and to enhance the results of other tools such like Blast. | eng |
dc.description.sponsorship | Universidade Federal de Sao Carlos | |
dc.format | application/pdf | por |
dc.language | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
dc.rights | Acesso Aberto | por |
dc.subject | Genética processamento de dados | por |
dc.subject | Bioinformática | por |
dc.subject | Algoritmos genéticos | por |
dc.subject | Alinhamento de seqüências | por |
dc.subject | Genetic algorithms | eng |
dc.subject | Pairwise alignment | eng |
dc.subject | Bioinformatics | eng |
dc.title | Alinhamento de seqüências biológicas com o uso de algoritmos genéticos. | por |
dc.type | Dissertação | por |
dc.contributor.advisor1 | Galetti Júnior, Pedro Manoel | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://genos.cnpq.br:12010/dwlattes/owa/prc_imp_cv_int?f_cod=K4783603A4 | por |
dc.description.resumo | A comparação de seqüências de genomas de organismos é uma das aplicações computacionais mais utilizadas por biólogos moleculares. Esta operação serve de suporte para outros processos como, por exemplo, a determinação da estrutura tridimensional de proteínas. Durante os últimos anos, tem- se observado uma grande expansão na utilização de Algoritmos Evolutivos, especialmente Algoritmos Genéticos (AGs), para problemas de otimização, como os de alinhamento de seqüências de dna e proteínas. Os AGs são técnicas de busca inspiradas em mecanismos de seleção natural e da genética. Neste trabalho, um AG foi utilizado para o desenvolvimento de uma ferramenta computacional para o problema de alinhamento de pares de seqüências. Uma comparação foi realizada com o uso da ferramenta bl2seq (do pacote de ferramentas Blast) afim de se checar a desempenho do AG. Utilizou- se para isso seqüências de diversos tamanhos e graus de similaridade. Os resultados demonstraram alguns casos específicos onde o AG superou a ferramenta bl2seq. A principal contribuição deste trabalho está na área de Bioinformática, com o emprego de uma nova metodologia, que posteriormente possa ser utilizada como mais uma opção para análises de seqüências em projetos genomas e para refinamento dos resultados obtidos por outras ferramentas usualmente utilizadas, como o Blast. | por |
dc.publisher.country | BR | por |
dc.publisher.initials | UFSCar | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular - PPGGEv | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA | por |
dc.contributor.authorlattes | http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4736034U8 | por |