Identificação de microalgas de água doce: construção de banco de dados e avaliação de interações planctônicas através de MALDI-TOF MS

dc.contributor.advisor1Bagatini, Inessa Lacativa
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/3904631503604006por
dc.contributor.advisor1orcidhttps://orcid.org/0000-0002-5549-2255por
dc.contributor.authorMello, Rodrigo Ventura de
dc.contributor.authorlatteshttp://lattes.cnpq.br/9229998934829124por
dc.date.accessioned2024-02-23T16:57:45Z
dc.date.available2024-02-23T16:57:45Z
dc.date.issued2023-08-30
dc.description.abstractFreshwater microalgae constitute a very diverse group with major ecological importance. However, the delimitation of species in some groups remains inconclusive. The absence or difficulty of recording sexual reproduction in the group implies the need to use other species concepts in addition to the biological concept. The integrative approach, which includes morphological, chemotaxonomic, biomolecular analyses, and physiological and ecological data, is proving increasingly important for a better delimitation of microalgae species. The inclusion of the ecological concept of species in the integrative taxonomy allows a better understanding of the functional diversity of these organisms. Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) is a tool with potential for distinguishing strains and species of microalgae, but databases with reference spectra of microalgae are nonexistent. Thus, we implemented a database with 23 axenic strains and tested its ability to identify strains and species of microalgae in an open-source software. The identification by spectra similarity showed a satisfactory ability to differentiate strains and species, even with cultures performed under different abiotic conditions. We also compared the MALDI-TOF MS spectra of 18 strains of closely related species grown in axenic conditions with the spectra of the same strains in different treatments with two bacteria, to integrate ecological data – of species interaction – in the specific delimitation of a family of coccoid green microalgae. Strains of A. densus and A. fusiformis showed similar responses of metabolite production when cocultured with bacteria. Two strains, CCMA-UFSCar 131 and 024, were shown to be possibly a new species and a case of misclassification, respectively. The spectra database can be of great help in the rapid identification of microalgae. Together with the ecological data, the identification by MALDI-TOF MS can help in the complex specific delimitation of freshwater green microalgae.eng
dc.description.resumoAs microalgas de água doce constituem um grupo bastante diverso e de grande importância ecológica. No entanto a delimitação de espécies em alguns grupos permanece inconclusiva. A ausência ou dificuldade de registro de reprodução sexuada no grupo implica na necessidade de utilização de outros conceitos de espécies além do conceito biológico. A abordagem integrativa, que inclui análises morfológicas, quimiotaxonômicas, biomoleculares e dados fisiológicos e ecológicos, se mostra cada vez mais importante para uma melhor delimitação de espécies de microalgas. A inclusão do conceito ecológico de espécies na abordagem integrativa permite maior entendimento da diversidade funcional desses organismos. A Espectrometria de Massa por Dessorção/Ionização a Laser Assistida por Matriz com analisador por Tempo de Voo (MALDI-TOF MS) é uma ferramenta com potencial para distinção de cepas e espécies de microalgas, porém bancos de dados com espectros de referências de microalgas são inexistentes. Assim, implementamos um banco de dados com 23 cepas axênicas e testamos a sua capacidade de identificação de cepas e espécies de microalgas em um software livre. A identificação por similaridade dos espectros mostrou uma capacidade satisfatória de diferenciação de cepas e espécies, mesmo com cultivos realizados sob diferentes condições abióticas. Também comparamos os espectros de MALDI-TOF de 18 cepas de espécies próximas cultivadas em condições axênicas com os espetros das mesmas cepas em tratamentos distintos com duas bactérias, a fim de integrar dados ecológicos – de interação de espécies – na delimitação específica de uma família de microalgas verdes cocoides. As cepas de A. densus e A. fusiformis apresentaram respostas semelhantes de produção de metabólitos quando em cocultivos com bactérias. Duas cepas, CCMA-UFSCar 131 e 024, apresentaram ser possivelmente uma nova espécie e um caso de classificação equivocada, respectivamente. O banco de espectros pode ser de grande ajuda na rápida identificação de microalgas. Juntamente com os dados ecológicos, a identificação por espectros de MALDI-TOF pode auxiliar na complexa delimitação específica das microalgas verdes de água doce.por
dc.description.sponsorshipConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)por
dc.description.sponsorshipId141131/2017-9por
dc.identifier.citationMELLO, Rodrigo Ventura de. Identificação de microalgas de água doce: construção de banco de dados e avaliação de interações planctônicas através de MALDI-TOF MS. 2023. Tese (Doutorado em Ecologia e Recursos Naturais) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2023. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/20.500.14289/19458.por
dc.identifier.urihttps://repositorio.ufscar.br/handle/20.500.14289/19458
dc.language.isoporpor
dc.publisherUniversidade Federal de São Carlospor
dc.publisher.addressCampus São Carlospor
dc.publisher.initialsUFSCarpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Ecologia e Recursos Naturais - PPGERNpor
dc.rightsAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil*
dc.rights.urihttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/*
dc.subjectDelimitação Específicapor
dc.subjectIdentificaçãopor
dc.subjectMALDI-TOFpor
dc.subjectInterações ecológicaspor
dc.subjectTaxonomiapor
dc.subjectSpecific delimitationeng
dc.subjectIdentificationeng
dc.subjectMALDI-TOFpor
dc.subjectEcological Interactionseng
dc.subjectTaxonomyeng
dc.subject.cnpqCIENCIAS BIOLOGICAS::ECOLOGIApor
dc.titleIdentificação de microalgas de água doce: construção de banco de dados e avaliação de interações planctônicas através de MALDI-TOF MSpor
dc.title.alternativeFreshwater microalgae identification: database assembly and evaluation of planktonic interactions with MALDI-TOF MSeng
dc.typeTesepor

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