dc.contributor.author | Souza, Alfredo Guilherme da Silva | |
dc.date.accessioned | 2018-07-16T18:22:31Z | |
dc.date.available | 2018-07-16T18:22:31Z | |
dc.date.issued | 2017-08-08 | |
dc.identifier.citation | SOUZA, Alfredo Guilherme da Silva. GromaXy: uma ferramenta para integração do Galaxy com o GROMACS. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) – Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, 2017. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/10289. | * |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/10289 | |
dc.description.abstract | Considering the significant advances in biomolecular researches, the raise of various limitations is predicted. Thereby, reinforcing the link between science and technology, by introducing the new and effective development tools which can be used in a variety of scientific studies (i.e. Molecular Dynamics methods for drug discovery), becomes necessary. This method enables the realization of simulations in biomolecular studies in which atoms' behavior can be observed during a specific period of time. In the state of art various researches related to development of tools, whose main goal is facilitating Molecular Dynamics studies, are encountered. The GROMACS is one of these tools that is known as an open-source tool that has been used in lots of research projects. Due to the complexity of manipulating the GROMACS, the current study presents a new tool called GromaXy, which aims at providing a new interaction way with GROMACS, by introducing a new graphical interface which is much more convenient than the GROMACS command line. In addition to providing a new interaction way with GROMACS, the GromaXy also offers an adoptation of Atom Validation, which is another tool that has been developed in one of the previous studies. Atom Validation identifies the absent atoms in protein structure and show the to the user in form of a list. GromaXy was developed using a well-known framework in bioinformatic area called Galaxy. This framework was preferred due to its simple environment, the ability of sharing the work history and the history of realized experiments, enabling the high-level storage of data related to the trajectory of simulation process. The GromaXy was chosen as an adequate name which presents the join of Galaxy and GROMACS. | eng |
dc.description.sponsorship | Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) | por |
dc.language.iso | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
dc.rights.uri | Acesso aberto | por |
dc.subject | Dinâmica Molecular | por |
dc.subject | Bioinformática | por |
dc.subject | Proteína | por |
dc.subject | Molecular Dynamics | eng |
dc.subject | Bioinformatics | eng |
dc.subject | Protein | eng |
dc.subject | GROMACS | eng |
dc.subject | Galaxy | eng |
dc.title | GromaXy: uma ferramenta para integração do Galaxy com o GROMACS | por |
dc.type | Dissertação | por |
dc.contributor.advisor1 | Trevelin, Luis Carlos | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/5082419783043736 | por |
dc.description.resumo | Com o avanço dos estudos biomoleculares é previsto o surgimento de várias limitações e, com isso torna necessário o fortalecimento da aliança entre a ciência e a tecnologia, trazendo como base o desenvolvimento de novas ferramentas e métodos eficazes para auxiliar os diversos tipos de estudos, como o uso do método de Dinâmica Molecular para auxiliar no processo de pesquisas com foco na descoberta de fármacos. Esse método possibilita realizar simulações nas quais podem ser observadas ao longo do tempo o comportamento dos átomos que constituem a biomolécula em estudo. Na literatura podem ser encontrados diversos pacotes de ferramentas que possibilitam a realização de simulações de dinâmica molecular. O GROMACS é um desses e se destaca por ser bastante utilizado e \emph{open-source}. Baseado na complexidade em manipular o GROMACS, este trabalho apresenta uma ferramenta chamada GromaXy, que tem como objetivo prover ao usuário, uma nova forma de interação com o GROMACS, oferecendo a ele uma ferramenta com interface gráfica, diferente da interface de linha de comandos do GROMACS. Além de uma nova forma de interação com o GROMACS, o GromaXy também oferece uma adaptação do Atom Validation, que é uma ferramenta encontrada na literatura e que permite a validação de arquivos PDB. O Atom Validation durante sua execução identifica os átomos ausentes da estrutura da proteína e apresenta uma lista desses para o usuário. O GromaXy foi desenvolvido por meio de um \emph{framework web} bem difundido na Bioinformática chamado de Galaxy, que foi adotado neste trabalho por possuir um ambiente simples para a utilização, possibilitar o compartilhamento de histórico de trabalho, dados de experimentos realizados, e possibilitar o armazenamento do alto volume de dados de trajetória resultantes do processo de simulação de dinâmica molecular. O nome GromaXy foi adotado por fazer uma junção ao nome do GROMACS e o nome do Galaxy. | por |
dc.publisher.initials | UFSCar | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação - PPGCC | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAO | por |
dc.description.sponsorshipId | CNPq: 153728/2015-9 | por |
dc.ufscar.embargo | Online | por |
dc.publisher.address | Câmpus São Carlos | por |
dc.contributor.authorlattes | http://lattes.cnpq.br/0459570418915149 | por |