dc.contributor.author | Cavalcante, Victor Ramos | |
dc.date.accessioned | 2021-02-22T19:00:41Z | |
dc.date.available | 2021-02-22T19:00:41Z | eng |
dc.date.issued | 2020-12-18 | eng |
dc.identifier.citation | CAVALCANTE, Victor Ramos. Análises in silico de genes associados à embriogênese somática em cana-de-açúcar. 2020. Dissertação (Mestrado em Produção Vegetal e Bioprocessos Associados) – Universidade Federal de São Carlos, Araras, 2020. Disponível em: https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/13874. | * |
dc.identifier.uri | https://repositorio.ufscar.br/handle/ufscar/13874 | por |
dc.description.abstract | Indirect somatic embryogenesis (ISE) is one of the most used regeneration pathways
to obtain sugarcane genetically modified plants. ISE regulatory genes have been
widely studied in monocotyledonous and dicotyledonous plants, and act as activators
of the expression of gene cascades or promoting cell growth and differentiation. In
contrast, in sugarcane, there are few reports in the literature with these genes involved
in ISE. Thus, the present study aimed to i) search for putative homologous genes
responsible for the regulation of ISE (families: BABYBOOM, WUSCHEL, LEAFY
COTYLEDON, VIVIPAROUS1, and AGAMOUS-LIKE) in sugarcane (SP80-3280 and
Saccharum spontaneum); ii) analyze the phylogeny between the sugarcane amino
acid sequences and their homologous in Arabidopsis thaliana and Poaceae species;
iii) design ideal primers for studying the expression of sugarcane ISE-related genes.
BLAST and BLASTp searches were carried out in the Phytozome, NCBI, UniProt, and
Gramene databases to obtain homologous sequences of the five gene families in corn,
sorghum, rice, and A. thaliana. Thus, phylogenetic analyzes of amino acid sequences
were performed with the aid of the software CLUSTALW and MEGAX, which showed
evolutionary proximity between the proteins of Zea mays, Sorghum bicolor, S.
spontaneum, and SP80-3280 in all the studied genes. In silico analyzes indicated that
they may have more than one gene from the BABYBOOM, WUSCHEL, and
VIVIPAROUS1 families regulating the pathways of ISE in sugarcane. In addition, with
the aid of the PRIMER3 software, 8 pairs of primers with ideal parameters were
obtained to be used in future analyzes of gene expression to understand more deeply
the mechanisms of ISE. | eng |
dc.description.sponsorship | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) | por |
dc.language.iso | por | por |
dc.publisher | Universidade Federal de São Carlos | por |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazil | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/ | * |
dc.subject | Saccharum | lat |
dc.subject | Filogenia | por |
dc.subject | Fatores de transcrição | por |
dc.subject | Cultura de tecidos | por |
dc.subject | Philogeny | eng |
dc.subject | Transcription factors | eng |
dc.subject | Tissue culture | eng |
dc.title | Análises in silico de genes associados à embriogênese somática em cana-de-açúcar | por |
dc.title.alternative | In silico analysis of genes associated with somatic embryogenesis in sugarcane | eng |
dc.type | Dissertação | por |
dc.contributor.advisor1 | Carneiro, Monalisa Sampaio | |
dc.contributor.advisor1Lattes | http://lattes.cnpq.br/2696490871291334 | por |
dc.description.resumo | A embriogênese somática indireta (ESI) é uma das vias de regeneração mais
utilizadas na obtenção de plantas geneticamente modificadas em cana-de-açúcar.
Genes reguladores da ESI vem sendo amplamente estudados em plantas
monocotiledôneas e dicotiledôneas, e agem como ativadores da expressão de
cascatas gênicas ou promotores de crescimento e diferenciação celular do
explante. Em contrapartida, em cana-de-açúcar há poucos relatos na literatura com
esses genes envolvidos na ESI. Assim, o presente estudo visou: i) buscar genes
homólogos putativos responsáveis pela regulação da ESI (famílias: BABYBOOM,
WUSCHEL, LEAFY COTYLEDON, VIVIPAROUS1 e AGAMOUS-LIKE) em canade-açúcar (SP80-3280 e Saccharum spontaneum); ii) analisar a filogenia entre as
sequências de aminoácidos de cana-de-açúcar e seus homólogos em Arabidopsis
thaliana e espécies de Poaceae; iii) desenhar primers ideais para estudo de
expressão gênica de genes relacionados à ESI de cana-de-açúcar. Foram
realizadas pesquisas BLAST e BLASTp nos bancos de dados do Phytozome, NCBI,
UniProt e Gramene para a obtenção de sequências homólogas das cinco famílias
gênicas em milho, sorgo, arroz e A. thaliana. Desse modo, análises filogenéticas de
sequências de aminoácidos foram realizadas com o auxílio dos softwares
CLUSTALW e MEGAX, que apontaram proximidade evolutiva entre as proteínas de
Zea mays, Sorghum bicolor, S. spontaneum e SP80-3280 em todos os genes
estudados. As análises in silico indicaram que podem ter mais de um gene das
famílias BABYBOOM, WUSCHEL E VIVIPAROUS1 regulando as vias da ESI em
cana-de-açúcar. Além disso, com auxílio do software PRIMER3, foram obtidos 8
pares de primers com parâmetros ideais para serem utilizados em futuras análises
de expressão gênica para compreender mais profundamente os mecanismos da
ESI. | por |
dc.publisher.initials | UFSCar | por |
dc.publisher.program | Programa de Pós-Graduação em Produção Vegetal e Bioprocessos Associados - PPGPVBA-Ar | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA | por |
dc.subject.cnpq | CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA VEGETAL | por |
dc.description.sponsorshipId | CAPES: 001 | por |
dc.publisher.address | Câmpus Araras | por |
dc.contributor.authorlattes | http://lattes.cnpq.br/7990507402831551 | por |